Acte un : naissance du petit John Malkovich, d'origine croate par ses grands-parents, installés aux Etats-Unis peu avant la première guerre mondiale. Il grandit dans l'Illinois entre ses parents, très cultivés. Il chope le virus de la lecture et développe une curiosité pour tout ce qui l'entoure.

Acte deux : Etudiant médiocre, c'est un peu par hasard que John Malkovich prend part à la création d'une troupe de théâtre, le Chicago's Steppenwolf Theater. Il y réalise ses premières mises en scène et développe une prédilection pour les planches, qu'il devra cependant modérer dès lors que le cinéma lui fera une place. (Malgré le succès, il restera fidèle à sa troupe, à laquelle il appartient encore). Au début des années 80, il joue dans quelques téléfilms américains puis débarque au cinéma. Robert Benton, dans Les saisons du cœur, lui donne l'occasion d'une nomination aux Oscars pour le meilleur second rôle masculin, Spielberg fait appel à lui pour L'empire du soleil, reconnu comme l'un des meilleurs films du cinéaste.

Acte trois : Malkovich interprète le vicomte de Valmont dans Les liaisons dangereuses, adapté du célèbre roman épistolaire de Laclos. C'est en 1988. Les films s'enchaînent ensuite, d'un côté ou de l'autre de l'Atlantique. Toujours attaché aux adaptations, on le voit jouer dans Des souris et des Hommes, Mary Reilly (adapté de Docteur Jekyll et Mister Hyde), Le Temps retrouvé (tiré de l'œuvre de Proust), ainsi que dans la mini-série Les Misérables. De film en film, Malkovich se constitue une image floue, capable de films d'auteurs comme de bruyants divertissements commerciaux (L'homme au masque de fer) en passant par le polar (Dans la ligne de mire, nomination aux Oscars pour le meilleur second rôle). Il est définitivement sacré star incontournable par l'irréel Dans la peau de John Malkovich, objet cinématographique non-identifié. Le pitch ? Deux zigotos découvrent un passage vers le cerveau de Malkovich... Avoir un film qui porte son nom sans qu'il soit biographique, c'est la classe.

Malkovich, c'est aussi un vrai francophile : l'acteur vit avec sa famille dans le Luberon, parle français couramment (avec un accent à couper au couteau certes, mais bon) et a tenu à ce que ses enfants l'apprennent également. Pas du genre à rester inactif, il travaille sur une ligne de vêtements, s'occupe de son jardin (il paraît qu'il a tous les problèmes du monde avec les taupes) et, accessoirement, tourne pour le ciné. Pas moins de cinq films doivent sortir d'ici 2006 : Beowulf (le retour de la vengeance, puisqu'une adaptation pitoyable avait été réalisée en 1999 avec C. Lambert), The Libertine (avec Johnny Depp), Appelez-moi Kubrick (sur une véridique imposture d'un type s'étant fait passé pendant un an pour le réalisateur), Eragon et Art school confidential.